對用戶來說MES管理系統與ERP、APS概念的互相交錯，軟件商之間激烈爭論，讓人困惑。那麽ERP、APS、MES部門管理系統這三者之間有什麽區別？用戶又該如何選擇？
一般對比軟件，不是看它集成的功能多不多，而是首先要看有沒有企業最需要的關鍵功能。如果都有，那就需要注意‘有’跟‘有’的差別很大，一個小小的差異可能就是本質的不同，要點就是要看它們的算法哪個更好。一個好的算法可以更深入地解決問題，運算速度快，很容易擴展到其他功能，修改起來方便等優勢。別的不說，在對比ERP、APS與MES之間的關系時，算法就起到關鍵作用。
在正常情況下，高級計劃排程APS的算法比MES管理系統中的詳細排程以及資源分配的算法要強很多。而MES中的算法比ERP中的MRP的算法也要強很多。
ERP中的MRP算法實在太簡單，就是把平時手工的工作方式電子化，相比而言類似於開發一個乘法運算的難度。因此很多企業不需要MRP在EXCEL上也可以實現相同功能。
而MES的排產功能肯定要強於ERP的生產計劃功能。因為如果在這個關鍵核心功能上不占一定的優勢，MES就根本不會有自己的市場份額。但是，它在本質上也只是把一些手工的、經驗性的好方法集成進了軟件，類似於簡化乘法運算，雖然有很大的實用價值，但這與APS的以數學模型為基礎的算法相差甚遠。否則，MES管理系統開發商就會把這部分拿出來單做成APS出售了，要知道其中的價格差異很大。（當然也不排除某些MES系統集成了APS系統的可能）。
APS系統擁有以數學模型為基礎的最強算法，可以滿足更高難度、更廣泛的需求。但它不是可以直觀理解的方法，真正的難點不在於把算法變成軟件，而是在於尋找和證明這個算法。因此，各APS公司對其核心算法和數學理論都是保密的，並且申請專利保護。當然對企業來說，算法也不是唯一的選擇依據。一般說，整套系統中的某個功能不如專業系統的功能強大，但是價格低廉，與它集成在一起的功能很多，用起來方便，這是整套系統的優勢所在。
ERP的生產管理部分對比MES和APS最簡單但也最便宜，一般僅限於簡單的物料需求計劃。如果企業對生產計劃要求比較低，只側重於較粗物料需求，就可以只選用ERP的生產模塊。
MES的排產功能更強一些，但是價格更高。適合於對生產計劃要求不太高但是對生產排產管理比較精細的企業。目前國內自稱提供MES系統的企業有很多，但其內容差別很大，水平良莠不齊，用戶在選擇的時候注意比較的關鍵是算法。從目前出現的趨勢看，ERP軟件公司傾向於集成MES系統，並與APS系統集成。
APS是功能最強也是最昂貴的軟件，適合於多品種、小批量、工藝流程變化很快、對生產計劃有很高要求的生產型企業。目前APS開發商都只專注於生產排程功能，不搞其他相關系統。因此APS需要與其他軟件集成在一起使用。
目前，國際知名ERP全部都已和某個獨立的APS系統集成在一起，常見的如SAP的APO，ORACLE的ASCP。國內用戶如果選擇了國外ERP軟件就可以考慮上它的APS，但是加上大量的定制開發以後，其價格昂貴有可能會超過整個ERP的價錢。
目前國內也有APS系統，主要在特定行業應用，主要是側重覆雜的制造排產調度。在覆雜計劃優化較弱，但由於價格較低，屬於本土化服務，性能價格比要優於國外系統。
綜上所述，我們要學會超越一個軟件表面上的概念、功能、特點，而以算法作為判斷的一個重要標準。這對MES、APS、MRP這樣的系統來說尤其重要。
